W 1944, po upadku powstania warszawskiego (którego był uczestnikiem), objął funkcję szefa wydziału higieny i inspekcji sanitarnej PCK (którego tymczasowa siedziba mieściła się wówczas w Piotrkowie).
Po zakończeniu wojny, jesienią 1945, wszedł w skład zarządu PCK. W tym samym roku wstąpił do Polskiego Stronnictwa Ludowego. Na polecenie Ministra Zdrowia została mu powierzona organizacja stacji przetaczania krwi. Wykładał także biologię oraz podstawy biologiczne psychologii w Wyższej Szkole Higieny Psychicznej w Warszawie. W 1946 został profesorem patologii ogólnej w Akademii Lekarskiej w Gdańsku. Zmarł 19 sierpnia 1946 w wyniku ran odniesionych w wypadku samochodowym, do którego doszło w okolicach Mszczonowa na trasie Warszawa–Gdańsk
Pochowany został na Starym Cmentarzu Rzymskokatolickim w Piotrkowie.
Odznaczenia W 1931 został wyróżniony Krzyżem Niepodległości „za pracę w dziale odzyskania niepodległości”Zarządzenie o nadaniu Krzyża Niepodległości z mieczami, Krzyża Niepodległości oraz Medalu Niepodległości ()..
W 1938 otrzymał Złoty Krzyż Zasługi w uznaniu zasług w dziedzinie nauki.
Upamiętnienia Opiekę nad grobem Gnoińskiego sprawują uczniowie z Zespołu Szkół Centrum Kształcenia Zawodowego im. Wincetego Witosa w Bujnach.