Podczas II wojny światowej klasztor został zajęty przez Niemców, którzy utworzyli w nim obóz dla volksdeutschów, a później oboz żydowski. Biblioteka była jednym z miejsc, które przystosowano do celów obozowych, a część książek została wyniesiona. Po wojnie, w 1945 roku, benedyktyni odzyskali klasztor, ale już 9 maja został on zajęty przez Armię Czerwoną. Biblioteka nie doznała poważnych zniszczeń, ale nie udało się odzyskać książek wyniesionych z pomieszczenia bibliotecznego.
Biblioteka po 1945 r.
Po II wojnie światowej klasztor w Krzeszowie pozostał własnością benedyktynów, ale zmieniła się jego obsada. Niemieccy zakonnicy stopniowo opuszczali opactwo – już w 1945 r. wyjechał opat Schmitt wraz z chorymi i starszymi braćmi. W maju 1946 r. większość niemieckich benedyktynów została ewakuowana wraz z ludnością niemiecką. Na miejscu pozostali jedynie zakonnicy o innym pochodzeniu: Włoch, Czech oraz trzech Austriaków. W grudniu 1945 r. opactwo zostało oddane pod opiekę benedyktynów z Tyńca, a w styczniu 1946 r. do klasztoru przybył o. Piotr Rostworowski. W maju 1946 r. klasztor oficjalnie przeszedł na własność benedyktynek lwowskich, które przybyły do Krzeszowa 31 maja. W połowie roku z Tyńca przyjechał także o. Skibniewski, pierwszy polski duszpasterz i kapelan benedyktynek.