W styczniu 1944 Pfeiffer przekazał dowództwo generałowi porucznikowi Bernhardowi Steinmetzowi, sam zaś został przesunięty do Führerreserve. Od 5 do 25 stycznia 1944 odbywał kurs szkolenia generalskiego.
10 lutego 1944 roku powierzono mu tymczasowe dowodzenie sztabem XII Korpusu Armijnego, a w marcu ponownie trafił do rezerwy oficerskiej. 1 maja 1944 objął dowodzenie nad VI Korpusem Armijnym. 20 maja został awansowany na generała artylerii. 28 czerwca 1944 o 19:30 w rejonie Mohylewa samochód, w którym znajdował się Pfeiffer został ostrzelany przez radzieckie działo przeciwpancerne, co doprowadziło do śmierci generała. Według innych relacji pojazd został zatrzymany ogniem broni maszynowej, a następnie zaatakowany przy użyciu granatów ręcznych. Według trzeciego scenariusza samochód miał stać się celem ataku lotniczego.
3 lipca 1944 wymieniono go z nazwiska w komunikacie Wehrmachtu: „W ciężkich walkach obronnych dowodzący generałowie – generał artylerii Martinek i generał artylerii Pfeiffer – a także generał broni Schünemann, walczący na czele swoich korpusów, ponieśli śmierć bohaterów, wierni złożonej przysiędze”.