W tych latach ogłosił także kilka traktatów arytmetycznych, dziś zaginionych. Zaprzyjaźnił się z Ludolphem van Ceulenem, którego nazwał „pierwszym ze wszystkich rachmistrzów, jacy są i jacy kiedykolwiek byli”. Van Ceulen sprawdzał rachunki van Roomena, ten zaś wielokrotnie wysoko oceniał jego umiejętności rachunkowe. Wśród jego uczniów, zachęcanych do podejmowania ogłaszanych wyzwań, znaleźli się m.in. Thomas Fienus z Antwerpii oraz Cornelis Opmeer z Delftu.
W przywileju drukarskim z 7 listopada 1590 po raz pierwszy tytułował się magistrem sztuk wyzwolonych i licencjatem medycyny. Rok później ukazała się jego – popularny traktat z kosmografii, czyli ówczesnej nauki opisującej budowę świata. W 1592 przez pół roku pełnił funkcję rektora. Niepokoje religijne w ogarniętej wojnami Flandrii skłoniły go do wyjazdu w spokojniejsze strony. W 1593 książę-biskup Würzburga Julius Echter von Mespelbrunn powierzył mu katedrę medycyny na odtworzonym w 1582 uniwersytecie tego miasta i mianował go swoim osobistym lekarzem. Uczelnia była jednym z ważnych ośrodków kontrreformacji i liczyła już ponad tysiąc studentów. Van Roomen objął katedrę w czerwcu 1593, a do matrykuły wpisano go ostatniego dnia sierpnia. W tym samym roku ożenił się z Anną Steegh z Amersfoortu, bratanicą nadwornego lekarza księcia.