Aleksander Weissberg został aresztowany przez NKWD 1 marca 1937. Przeszedł przez śledztwo (w tym konwejer) i więzienia śledcze w Charkowie, Kijowie i Moskwie. W jego obronie list do Stalina napisał osobiście Albert Einstein. Podobny list do stalinowskiego prokuratora generalnego ZSRR Andrieja Wyszynskiego wystosowali: Frédéric Joliot-Curie, Irène Joliot-Curie i Jean Baptiste Perrin. Oba listy pozostały bez odpowiedzi i bez konsekwencji.
Życie Weissberga uratował pakt Ribbentrop-Mołotow i czasowy sojusz sowiecko-niemiecki. 5 stycznia 1940 na moście granicznym w Brześciu nad Bugiem oficerowie NKWD przekazali swoim kolegom z Gestapo grupę kilkudziesięciu komunistów i socjaldemokratów niemieckich i austriackich, w tym Weissberga (który od Anschlussu Austrii był obywatelem Rzeszy Niemieckiej). Niemcy osadzili wszystkich najpierw w więzieniu w Białej Podlaskiej, następnie przenieśli na Pawiak w Warszawie, gdzie dokonano selekcji rasowej. Pięciu Żydów, w tym Weissberga, przekazano do więzienia na Zamku w Lublinie, pozostałych wywieziono w głąb Rzeszy.