31 maja 2004 roku lokalna gmina żydowska otrzymała oficjalny list, w którym władze miasta nakazały jej opuszczenie synagogi do lipca tego samego roku. Jej wyburzenie zostało zatwierdzone przez administracyjną komisję dystryktu Ismail Somoni już w styczniu 2003 roku. Przyczyną tego stanu rzeczy była planowana budowa „Pałacu Narodów”, czyli pałacu prezydenckiego, który miał powstać na terenie, który również zajmowała synagoga. Rozbiórka, która według planów miała się odbyć w 2004 roku, została dokonana na początku lutego 2006 roku poprzez wyburzenie mykwy, rzeźni koszernej oraz klas szkółki żydowskiej. 22 lutego rozebrano główną część synagogi, ale ze względu na liczne protesty ocalał jedynie fragment, którego los jest nadal niepewny. Na miejscu wyburzonej części powstała droga do budowanego Pałacu Narodów.
Do czasu zburzenia synagoga służyła 300 ŻydomIan MacWilliam, Last Tajik synagogue to be razed – news.bbc.co.uk.; była jedynym czynnym żydowskim domem modlitwy w kraju. W ramach odszkodowania 20 marca 2006 roku gmina żydowska otrzymała działkę o powierzchni 1500 m² przy ulicy Nazyina Chikmeta 26 pod budowę nowej synagogi na własny koszt.