Przeciwko zdolnemu, ale i autokratycznemu wodzowi rosła jednak opozycja wśród partii haremowej. Przekonano Akbara, że należy odsunąć zbyt potężnego ministra. W wyniku intryg Bairam zbuntował się, został pokonany i zesłany do Mekki. W drodze na zesłanie zamordowano go (1560).
Wpływy partii haremowej ciążyły jednak Akbarowi. Choć nigdy nie nauczył się pisać i czytać, młody władca wykazywał spore zainteresowanie sprawami państwowymi i nie chciał pozostać narzędziem w ręku innych. Na swego wezyra mianował Atgę Chana z Kabulu. Gdy został on zamordowany przez spiskujących Uzbeków, którzy tworzyli trzon "partii haremowej", Akbar pomścił go rozpędzając tę klikę i przejął ostatecznie osobiste rządy (1561). Jego samodzielność i chęć centralizacji władzy budziła stałą opozycję, z którą będzie musiał się zmagać całe panowanie. Wrodzona inteligencja, zdolność dobierania odpowiednich ludzi na ważne stanowiska oraz umiejętność zjednywania poddanych pozwoliła mu jednak utrzymać samowolę możnych w ryzach.