Sojusz z Radźputami W styczniu 1562 roku Akbar zainicjował ważną zmianę w polityce wobec Radźputów – hinduskich radżów i rodów rycerskich, którzy do tej pory byli zwalczani przez wszystkich muzułmańskich władców północy. Córka radży Bihari Mala z Amberu została żoną Akbara. Co istotne, władca nie nakłaniał małżonki do przyjęcia islamu. Została ona później matką następcy tronu Dżahangira. Kolejni władcy Radźputów uznawali stopniowo władzę Mogoła, wielu zaciągnęło się na służbę w jego armii, w tym jeden z najzdolniejszych wodzów Akbara – Man Singh. Sojusz z Radźputami był ważny, ponieważ uniezależniał Akbara od poparcia ze strony tylko muzułmańskich, zwalczających się nawzajem możnych. Nie wszyscy Radźputowie przeszli jednak na stronę padyszacha, a niektóre fortece Radźputów stanowiły ogniska oporu wobec rosnącej siły imperium. W kolejnych latach Akbar poświęcił wiele energii, by złamać ducha dumnych książąt. W 1567 roku obległ należącą do radżów Mewaru, potężną twierdzę Ćitor. Choć jej władca, Udaja Singh zbiegł, forteca stawiała opór przez wiele miesięcy. Siłami Radźputów dowodził tam Dżaimal Rathor, który nie chciał poddać twierdzy. Została zdobyta dopiero po jego śmierci, w lutym 1568 roku, po tym jak obrońcy dokonali rytualnego dźoharu (samobójstwa). Opór rozwścieczył Akbara, który podobno rozkazał wymordować 30 tys.