Już w pierwszym roku swojego pontyfikatu napisał cztery encykliki, z których najważniejsza, Ad Petri Cathedram (wydana w czerwcu 1959 r.), zawierała oficjalną zapowiedź soboru. Trzy kolejne, które ukazały się od sierpnia do listopada 1959 r., traktowały o stanie kapłańskim, modlitwie różańcowej i pracy misyjnej. W maju 1961 r. została wydana encyklika społeczna Mater et Magistra, w której podjął i rozszerzył społeczną naukę Piusa XI i Leona XIII. W podobnym tonie Jan XXIII wypowiedział się także w ostatniej swojej encyklice Pacem in terris (kwiecień 1963 r.), gdzie nawiązał także do pokojowego współistnienia pomiędzy Zachodem a komunistycznym Wschodem.
Dodatkowo, podczas kryzysu kubańskiego, publicznie apelował do ZSRR i USA o ostrożność w działaniach, czym zaskarbił sobie sympatię prezydenta Kennedy’ego i I sekretarza Chruszczowa. Dzięki temu ociepleniu stosunków dyplomatycznych, 7 marca 1962 r., Jan przyjął na audiencji córkę i zięcia Chruszczowa.