Wbrew panującemu przekonaniu papież Jan XXIII nie ekskomunikował 3 stycznia 1962 r. Fidela Castro. Doszło jedynie do pogorszenia relacji, m.in. poprzez odpowiedź papieża na wiadomość od kubańskiego prezydenta, Dorticósa Torrado, w której wyraził swoje „szczere życzenia chrześcijańskiej pomyślności dla umiłowanego narodu Kuby”. Przesłanie miało jednak dość ekspansywny charakter. Również w tym samym czasie władze watykańskie podjęły decyzję o nieprzyjęciu listu uwierzytelniającego dla nowego ambasadora Kuby, Amado Blanco y Fernándeza. Napięcie stosunków wynikało z nagonki i prześladowań duchownych katolickich na Kubie.
thumb|Jan XXIII na okładce magazynu „Time” z 4 stycznia 1963. Człowiek Roku 1962 według magazynu „Time”. Jego sekretarzem osobistym był abp Loris Capovilla. Palił fajkę. Był pierwszym papieżem od 1870 r., który odbył oficjalne spotkanie poza Watykanem – była to wizyta w więzieniu i jednym ze szpitali w Boże Narodzenie w 1958. W 1962 r. odbył także podróż do Asyżu i Loreto. Kreował 52 kardynałów na pięciu konsystorzach.
Choroba i śmierć