Według José Enrique de la Pen~a, po meksykańskim zwycięstwie w Bitwie o Alamo Fernández Castrillón przyprowadził przed oblicze Santa Anna sześciu albo siedmiu Teksańczyków których wziął jako jeńców podczas zwycięskiego ataku na Alamo, prosząc o darowanie im życia. Santa Anna odpowiedział, że żadnych jeńców nie wzięto i kazał ich zabić na miejscu. Tydzień później podczas Bitwy pod Goliad, Fernández Castrillón również zaprotestował przeciw zabijaniu jeńców ale na próżno, Santa Anna kazał stracić prawie 400 Teksańczyków a ich ciała spalić, wliczając też ich dowódcę Jamesa Fannin i dlatego Bitwę pod Goliad nazywano Masakrą pod Goliad.
W kolejnej bitwie pod San Jacinto 21 kwietnia 1836, Meksykanów zaatakował Teksański Generał Sam Houston na czele 800-900 ludzi. Santa Anna miał około 1400 żołnierzy ponieważ podzielił swoją armię ścigając właśnie Houstona. Wydawało się, że na to Houston właśnie czekał i teraz natychmiast poprowadził atak na Meksykańskich żołnierzy którzy zatrzymali się na odpoczynek tysiąc jardów dalej. Armia Santa Anny nie miała żadnej możliwości wycofania się z powodu bagnistego terenu. Manuel Fernández Castrillón dzielnie trwał na stanowisku i bezskutecznie próbował wycofać oddziały spod gradu ognia Teksańczyków. Teksański Generał i Sekretarz Wojny Thomas J. Rusk próbował oszczędzić życie tego wybitnego generała.