Na mocy postanowień konferencji berlińskiej (1884–1885), przesądzającej o podziale Afryki pomiędzy europejskie mocarstwa kolonialne, terytoria współczesnej Rwandy i Burundi zostały przyznane Cesarstwu Niemieckiemu. Początek obecności militarnej Niemiec na terytorium Burundi datowany jest jednak dopiero na rok 1896, kiedy to we wsi Usumbura ustanowiony został niemiecki posterunek wojskowy. W 1899 roku utworzony został dystrykt o nazwie Ruanda-Urundi. Niemieckie rządy w Burundi zakończyła I wojna światowa. Na mocy postanowień traktatu wersalskiego kolonię przekształcono w terytorium mandatowe Ligi Narodów, administrowane przez Belgię. Po zakończeniu II wojny światowej Ruanda-Urundi została przekształcona w terytorium powiernicze ONZ, pozostające nadal pod władzą Belgii. W Burundi zaczęły już wówczas narastać tendencje niepodległościowe, których wyrazicielem stała się przede wszystkim powstała w 1957 roku Partia Jedności i Postępu Narodowego Burundi ( – UPRONA).
Burundi, podobnie jak sąsiednia Rwanda, uzyskało niepodległość 1 lipca 1962 roku.