O ile jednak w Rwandzie doszło wcześniej do krwawego powstania ludowego, które przyniosło obalenie tamtejszej monarchii Tutsi oraz utworzenie republiki całkowicie zdominowanej przez Hutu, o tyle Burundi rozpoczęło niepodległy byt jako monarchia konstytucyjna, w której duże wpływy zachowali Tutsi. Pod wpływem szeregu czynników relacje pomiędzy obiema grupami etnicznymi szybko uległy jednak gwałtownemu pogorszeniu. Nieudany zamach stanu, przeprowadzony przez grupę oficerów Hutu w październiku 1965, umożliwił kontrolowanej przez Tutsi armii zdobycie dominującego wpływu na sprawy państwa. Po kilkumiesięcznym okresie trudnej koabitacji wojsko obaliło monarchię i proklamowało powstanie tzw. Pierwszej Republiki (28 listopada 1966). W kolejnych latach wojskowy reżim systematycznie ograniczał wpływy Hutu w życiu politycznym, siłach zbrojnych i administracji. Nieudane powstanie Hutu, które pod koniec kwietnia 1972 wybuchło w południowych prowincjach Burundi, dało rządowi pretekst do dokonania eksterminacji elity społecznej Hutu. Od końca kwietnia do września 1972 zamordowano w Burundi od 100 do 300 tys. Hutu, a co najmniej 150 tys. zmuszono do ucieczki z kraju. Był to pierwszy odnotowany przypadek ludobójstwa w historii postkolonialnej Afryki. Rzezie z 1972 roku ostatecznie utwierdziły status Tutsi jako warstwy dominującej.