Przez następnych 16 lat władza, wpływy, przywileje i bogactwo były zastrzeżone wyłącznie dla przedstawicieli tej grupy etnicznej, podczas gdy Hutu blokowano dostęp do edukacji oraz pozbawiano ich możliwości służby w strukturach militarnych lub pracy w administracji państwowej. W sierpniu 1988 w gminach Ntega i Marangara na północy kraju wybuchło spontaniczne powstanie Hutu, wywołane prowokacjami lokalnych urzędników Tutsi oraz obawami przed powtórzeniem ludobójstwa z 1972 roku. W trakcie kilkudniowych zamieszek zostało zabitych kilkuset Tutsi. W odwecie rządowa armia zamordowała od 15 do 30 tys. Hutu, a kolejnych 50 tys. zmusiła do ucieczki z kraju.
Pod naciskiem społeczności międzynarodowej rząd prezydenta Pierre’a Buyoyi był wówczas zmuszony podjąć daleko idące reformy. 1 czerwca 1993 przeprowadzono pierwsze w historii Burundi wolne wybory prezydenckie, których bezapelacyjnym zwycięzcą okazał się kandydat umiarkowanej opozycji Hutu, Melchior Ndadaye. Partia Ndadaye – Front pour la Démocratie au Burundi (FRODEBU) – odniosła również całkowite zwycięstwo w przeprowadzonych 29 czerwca 1993 wyborach parlamentarnych. Ekstremistyczna frakcja Tutsi, wciąż zachowująca duże wpływy w armii i aparacie państwowym, nie potrafiła się jednak pogodzić z utratą monopolu władzy.