Poza zespołem W 2000 Lee gościnnie zaśpiewała w dwóch utworach byłego klawiszowca Evanescence, Davida Hodgesa, „Breathe” (The Summit Church: Summit Worship) oraz niewydanej „Fall Into You”. Zaśpiewała również w chórku w piosence „Missing You” zawartej na debiutanckim albumie Big Dismal pod tytułem Believe. Wzięła również udział w nagraniach dwóch piosenek supergrupy The Damning Well, ostatecznie jej partia została wycięta z powodu ewentualnego konfliktu z wytwórnią płytową. Lee nagrała w duecie ze swoim ówczesnym chłopakiem, a liderem grupy Seether, Shaunem Morganem, utwór „Broken”, został on zawarty na wydanym w 2004 roku na albumie Disclaimer II. Piosenka została również zawarta na ścieżce dźwiękowej do wydanego w 2004 filmu The Punisher.
W 2004 Lee stwierdziła, że pracuje nad ścieżką dźwiękową do filmu Opowieści z Narnii: Lew, czarownica i stara szafa, muzyka została jednak odrzucona przez producentów ponieważ była zbyt „mroczna”. Co więcej, producenci stwierdzili, że nigdy nie prosili Amy Lee o nagranie materiału na ścieżkę dźwiękową i nie planowali by nagrała ją grupa Evanescence.