W 2006 Lee została amerykańskim ambasadorem międzynarodowej fundacji Out of the Shadows, która zajmuje się edukacją na temat padaczki. Wcześniej u młodszego brata Amy Lee, Robby’ego, zdiagnozowano tę chorobę. Pod koniec 2006 Lee wystąpiła epizodycznie w teledysku do utworu Johnny’ego Casha pt. „God’s Gonna Cut You Down”.
W czerwcu 2008 Lee otrzymała od National Music Publishers’ Association nagrodę Songwriter Icon Award.
We wrześniu 2008 Lee wykonała dla wytwórni Walt Disney aranżację utworu „Sally’s Song”, została ona później umieszczona na albumie Nightmare Revisited. Na płycie zawarto nowe aranżacje utworów zawartych na oryginalnej ścieżce dźwiękowej do filmu Miasteczko Halloween z 1993 roku. Lee wykonała utwór „Sally’s Song” na żywo dwukrotnie, 13 października podczas występu w The Tonight Show with Jay Leno oraz 17 października podczas premiery Nightmare Revisited w Hollywood.
Wizerunek sceniczny Lee łączy w swoim stylu makijaż charakterystyczny dla subkultury gotyckiej ze strojami utrzymanymi w stylu wiktoriańskim. Wokalistka zaprojektowała także wiele kreacji, wystąpiła w nich między innymi w teledysku do utworu „Going Under”. Wykonał je według jej projektu japoński projektant mody, H. Naoto.