Od 1569 r. Włodawa na mocy unii lubelskiej stała się miastem granicznym, a rzeka Włodawka stanowiła granicę pomiędzy województwem brzeskolitewskim a województwem ruskim. W roku 1596 Włodawa przeszła w ręce Leszczyńskich. W 1629 roku właścicielem miasta w województwie brzeskolitewskim był Rafał LeszczyńskiWłasność ziemska w powiecie sandomierskim w roku 1629, w: „Przegląd Nauk Historycznych” 2012, r. XI, Nr 2, s. 51.. W 1624 r. wzniesiono we Włodawie szkołę i zbór kalwiński, czynny do 1698 roku. Ważnym wydarzeniem był zwołany do Włodawy w roku 1634 synod kalwiński, na który przybyli delegaci z całej Korony i Litwy w celu ustalenia jednolitych form obrzędowych.
W 1648 r. wojska Chmielnickiego zajęły i spustoszyły Włodawę, mordując znaczną część mieszkańców. Najazd szwedzki na Rzeczpospolitą (potop szwedzki) także nie ominął Włodawy, ponieważ już w 1657 roku miasto zostało splądrowane i dość mocno zniszczone przez wojska szwedzkie. Po tych wydarzeniach, królowie polscy nadawali włodawskim mieszczanom – zarówno chrześcijanom, jak i Żydom liczne przywileje, jednak nie mogło to zatrzymać postępującego upadku miastaWłodawa na Sztetl.. Kolejne wieki to rozwój gminy żydowskiej i stopniowe zwiększanie się liczby mieszkańców wyznania mojżeszowego.