W końcu XVII w. dobra włodawskie przejął Rafał Leszczyński (ojciec późniejszego króla polskiego Stanisława). Będąc żarliwym katolikiem, zlikwidował tutejszy zbór i szkołę kalwińską. Po nim miasto przeszło w ręce Ludwika Konstantego Pocieja, który sprowadził do Włodawy paulinów z klasztoru na Jasnej Górze i ufundował klasztor.
Podczas konfederacji barskiej 14–15 września 1769 w bitwie toczonej w odwrocie z Włodawy w kierunku Łomaz poległ Franciszek Ksawery Pułaski, śpieszący z pomocą bratu Kazimierzowi Pułaskiemu.
Okres zaborów W początkowym okresie zaborów, po III rozbiorze Polski w 1795 roku, Włodawa leżała w zaborze austriackim, a następnie od 1809 roku w Księstwie Warszawskim, ostatecznie po kongresie wiedeńskim w 1815 roku, jako część Królestwa Polskiego, została włączona do zaboru rosyjskiego (Imperium Rosyjskie). Administracja rosyjska pozostawała we Włodawie aż do 1915 roku (I wojna światowa), kiedy to została zajęta przez wojska niemieckie.