W 1850 r. w Krakowie ukazała się jego rozprawa pt. „Kalwaria Zebrzydowska i jej okolice pod względem dziejowym i archeologicznym”. W tym samym roku architekt miejski Karol Kremer w ramach „Towarzystwa naukowego” powołał wydział archeologiczny, którego skład wszedł m.in. Józef Łepkowski. Rok 1850 był również ważny, ponieważ wybuchł wtedy w Krakowie wielki pożar, doprowadzając do zniszczenia cennych zabytków miasta, wydarzenie to miało niemały wpływ na dalszą naukową działalność badacza w ramach ich ochrony, publikował on wtedy rozprawy o zabytkach Krakowa w czasopismach krakowskich, lwowskich, warszawskich i wileńskich. Rok później Łepkowski został mianowany przewodniczącym Komisji Restauracji Pomników i zaproponował Towarzystwu Naukowemu wykonanie mapy archeologicznej dla ułatwienia inwentaryzacji i opieki nad zabytkami na terenie kraju.
Należy zaznaczyć, że obok archeologii interesowała Łepkowskiego etnografia, budownictwo ludowe, obrzędy i obyczaje ludu. W 1853 r., w trzech numerach „Gazety Warszawskiej”, w ramach cyklu „Notatki z podróży archeologicznej po Galicyi”, opublikował list zatytułowany Z pod Babiej Góry d. 28 sierpnia 1853 r.