W 2005, po śmierci Jana Pawła II, wraz z wiernymi czuwał pod papieskim oknem Pałacu Biskupiego w Krakowie. Przyczynił się do wybudowania bazyliki i rozbudowy Sanktuarium Bożego Miłosierdzia w Krakowie-Łagiewnikach oraz powstania Centrum Dialogu i Modlitwy w Oświęcimiu. Reaktywował, a następnie rozbudował archidiecezjalną Caritas. W czasie posługi biskupiej powstawały domy samotnej matki, rodzinne domy dziecka, zakłady opiekuńczo-lecznicze, poradnie psychologiczne i schroniska dla bezdomnych. Wielokrotnie apelował do diecezjan o pomoc dla potrzebujących. Założył katolickie tygodniki: krakowską edycję „Gościa Niedzielnego” i „Źródło”, a także diecezjalne Radio Mariackie (następnie Radio Plus). Przyczynił się do transmitowania w każdy piątek mszy dla chorych na antenie Telewizji Kraków.
W 2002, w związku z ukończeniem 75 lat, zgodnie z przepisami oddał się do dyspozycji papieża, jednakże Jan Paweł II zlecił mu dalsze sprawowanie urzędu arcybiskupa krakowskiego. 3 czerwca 2005 papież Benedykt XVI przyjął jego rezygnację. Do 27 sierpnia 2005 pełnił funkcję administratora archidiecezji. Po ustąpieniu z urzędu zamieszkał w klasztorze albertynek w Krakowie.