W ramach prac Konferencji Episkopatu Polski w latach 1979–1994 był zastępcą przewodniczącego, w 1981 po śmierci prymasa Stefana Wyszyńskiego pełnił obowiązki przewodniczącego. Należał do Rady Stałej. Pełnił funkcję przewodniczącego Komisji ds. Nauki Katolickiej, Komisji ds. Apostolstwa Świeckich, Zespołu ds. Stypendiów Naukowych i Językowych. Uczestniczył w synodach biskupów polskich, które odbyły się w latach 1980, 1983, 1987 i 1991.
Kreowany kardynałem prezbiterem został na konsystorzu 30 czerwca 1979. Jako kościół tytularny przydzielono mu Bazylikę św. Jana w Łacińskiej Bramie. 8 lipca 1979 odbył kardynalski ingres do katedry na Wawelu. Należał do watykańskich kongregacji: ds. Biskupów, ds. Duchowieństwa, ds. Instytutów Życia Konsekrowanego i Stowarzyszeń Życia Apostolskiego oraz ds. Wychowania Katolickiego. Należał również do II sekcji Sekretariatu Stanu, Stałej Rady Kardynałów i Biskupów oraz Sekretariatu dla Niewierzących.
Konsekrował 9 biskupów, a także asystował podczas sakr 19 biskupów. W kwietniu 2005 brał udział w konklawe, na którym wybrano na papieża Benedykta XVI. 20 maja 2007, w dniu ukończenia 80 lat, utracił prawo wyboru papieża w konklawe.