Po szturmie omonowców na wieże telewizyjną w Wilnie w styczniu 1991 Marek Karp wspierał w Warszawie formowanie litewskiego rządu na uchodźstwie. Był to jeden z najbardziej dramatycznych epizodów w jego życiu, Ośrodek Studiów Wschodnich, osw.waw.pl [dostęp 2011-02-25].. Po 1990 bardzo często bywał na Litwie, pomagając Czesławowi Okińczycowi w wydawaniu gazety „Znad Wilii”.
Ośrodek Studiów Wschodnich W 1990 wraz z grupą współpracowników zorganizował Ośrodek Studiów Wschodnich przy Ministerstwie Współpracy Gospodarczej z Zagranicą. Pomysł założenia instytucji analitycznej zajmującej się Wschodem i działającej na potrzeby administracji pojawił się podczas spotkań Karpia ze Stanisławem Swianiewiczem w latach 80. Do kwietnia 2003 był dyrektorem OSW, a następnie do swej śmierci pracownikiem.
W trakcie pracy w Ośrodku Studiów Wschodnich Marek Karp przekonywał polskich decydentów i polityków, jak wielkie znaczenie ma dla Polski rozwój dobrych kontaktów z krajami Europy Wschodniej. Był jednym z ważnych ludzi wpływających na kształt polskiej polityki wschodniej. Często podróżował po Białorusi, Ukrainie, krajach Kaukazu Południowego i Azji Centralnej. Szczególny sentyment miał do Białorusi, którą zwiedzał podróżując od dworu do dworu. Stał się też specjalistą od tego krajuZob. np.