thumb|Heß i Adolf Hitler, 1936 Od tego okresu Heß przestał być osobą anonimową publicznie. 1 grudnia 1933 wszedł w skład rządu Adolfa Hitlera jako minister bez teki. Był także w tym okresie przewodniczącym Komitetu doradczego nazistowskiej organizacji Bund Deutscher Osten. Po nocy długich noży z 29 na 30 czerwca 1934 SA zostały zastąpione przez Schutzstaffel (SS), a Heß został przez Hitlera mianowany Obergruppenführerem, czyli generałem tej nowej formacji. Heß zaczął stanowić centralną postać reżimu hitlerowskiego; jego żarliwe oddziaływanie na masy było ogromne. Stał się arcykapłanem kultu führera. Rola zastępcy ewoluowała do reprezentowania reżimu na zewnątrz.
We wrześniu 1935 Heß wydał zarządzenie, w myśl którego wszystkie partyjne agencje informowały Gestapo o osobach, które krytykowały NSDAP. Jako minister w tym samym miesiącu podpisał antysemickie ustawy norymberskie. W 1937 roku został patronem Dwunastego Międzynarodowego Kongresu Homeopatów w Berlinie i założył Akademię Nowoczesnej Medycyny Niemieckiej Rudolfa Heßa z siedzibą w Dreźnie. Angażował się w politykę restrykcyjną wobec Żydów. W maju 1938 podpisał dekrety pozbawiające Żydów prawa do sprawowania urzędów państwowych i głosowania. W lipcu 1938, na podstawie wydanego przez Heßa zarządzenia, lekarzom żydowskim zostało zabrane prawo wykonywania zawodu.
Wybuch II wojny światowej