Zmiany w Sanhedrynie Za czasów Aleksandry poprzednio mocno prześladowani faryzeusze nie tylko byli tolerowani, ale nawet stali się członkami Sanhedrynu – głównej władzy sądowniczej i religijnej Jerozolimy. Aleksandra zgodziła się na to za zgodą swojego najstarszego syna Jana Hirkana II, który był zwolennikiem faryzeuszy. Spowodowało to jednak ograniczenie władzy królewskiej, o czym Józef Flawiusz tak pisze:
W cieniu jej władzy do znaczenia zaczęli dochodzić faryzeusze. Była to grupa Żydów, którzy cieszyli się opinią wyróżniających się spośród innych pobożnością i skrupulatnym objaśnianiem praw. Aleksandra, która sama też objawiała wielką gorliwość w sprawach Bożych, nazbyt się z nimi liczyła, oni zaś stopniowo coraz bardziej wykorzystywali niewieścią prostoduszność, aż w końcu wzięli w swoje ręce faktyczne rządy w państwie i mogli skazywać na wygnanie i stamtąd odwoływać, uwalniać lub więzić, kogo tylko chcieli. Krótko mówiąc, oni korzystali z dobrodziejstwa władzy królewskiej, a wydatki i kłopoty spadały na barki Aleksandry. Potrafiła jednak świetnie pokierować ważnymi sprawami: podwoiła swoją armię, organizując stały zaciąg, i nadto zwerbowała jeszcze niemało wojska najemnego, tak że nie tylko trzymała w ryzach swój naród, ale również budziła postrach u obcych władców.