Umiała rządzić innymi, lecz nią samą rządzili faryzeusze. W taki to sposób faryzeusze zgładzili jednego z wybitnych mężów i przyjaciela Aleksandra, Diogenesa, zarzuciwszy mu, że to on właśnie był doradcą króla, kiedy z jego rozkazu ukrzyżowano osiemset osób. Nakłamali również Aleksandrę do stracenia jeszcze innych ludzi, którzy podburzali Aleksandra przeciw owym mężom. A że ona przez swą bogobojność ustępowała im, skazywali na śmierć, kogo im się podobało. Najwybitniejsi z tych, którzy czuli się zagrożeni, schronili się do Arystobula. Ten przekonał swoją matkę, by oszczędziła owych mężów ze względu na ich pozycję, a jeśli sądzi, że nie są bez winy, aby wydaliła ich z miasta. Tak więc ci, mając zapewnione bezpieczeństwo, rozproszyli się po kraju.
Inne zmiany. Koniec panowania Aleksandra zwiększyła ilość wojska i obwarowała wiele miast, w wyniku czego monarchowie sąsiednich krajów byli pod wrażeniem ilości warowni. Wysłała także swego syna Arystobula przeciwko Damaszkowi, pod pretekstem jakoby był on uciskany i opanowany przez Ptolemeusza. Później Aleksandra się rozchorowała, w wyniku czego jej młodszy syn Arystobul z pomocą swoich zwolenników zawładnął wszystkimi warowniami w kraju. Następnie zwerbował wojsko najemne i sam ogłosił się królem, detronizując matkę.