W tym okresie wyposażenie synagogi było już skromne.
Podczas II wojny światowej hitlerowcy doprowadzili do znacznej dewastacji wnętrza synagogi oraz bezpowrotnego przepadku jej cennego wyposażenia. Zniszczono żelazną kratę bimy, kamienne obramowanie aron ha-kodesz, skarbonę, paramenty. Zachowały się tylko dębowe, ażurowe drzwi do aron ha-kodesz. Po zakończeniu wojny synagoga znajdowała się w bardzo złym stanie.
W późniejszym okresie w pomieszczeniach dawnych galerii dla kobiet mieszkali przez kilka lat żydowscy repatrianci ze Związku Radzieckiego. W 1955 lub w 1956 Miejska Rada Narodowa wydała nakaz eksmisji kongregacji z synagogi, w celu przeznaczenia jej na dom kultury dla głuchoniemych. Przeciwko tym planom głośno zaprotestowała Kongregacja Wyznania Mojżeszowego z prezesem Maciejem Jakubowiczem na czele, która nie chciała dopuścić do przeznaczenia synagogi na lokal rozrywkowy. W międzyczasie dyrekcja Polskiego Związku Głuchoniemych w Krakowie uznała, że synagoga nie nadaje się na dom kultury i zrzekła się przydziału na nią. Protest kongregacji z 1956 był największym protestem środowiska żydowskiego w powojennej Polsce.