Ostatecznie Gmina Wyznaniowa Żydowska w Krakowie utraciła budynek w 1965. W 1964 lub w latach 1965–1967 przeprowadzono kapitalny remont budynku, podczas którego zamurowano wnękę na aron ha-kodesz i wejście od strony ulicy Dajwór oraz rozebrano drewniane ganki i przybudówki. Po zakończeniu remontu w synagodze mieściła się do roku 2017 filia Staromiejskiego Centrum Kultury Młodzieży.
W 2005 bożnica przeszła kolejny remont, podczas którego otynkowano budynek oraz wymieniono okna na takie, które w całości przypominają te sprzed wojny. Od 1996 podczas Festiwalu Kultury Żydowskiej w synagodze odbywają się warsztaty artystyczne „Odkrywanie Kazimierza”, podczas których uczestnicy poprzez sztukę, poznają historię i kulturę Kazimierza – byłej żydowskiej dzielnicy KrakowaOdkrywanie Kazimierza – Festiwal Kultury Żydowskiej w Warszawie..
W roku 2017 bożnica została wykupiona, obecnie mieści się w niej filia księgarni Austeria – wydawnictwa zajmującego się publikowaniem i sprzedawaniem artykułów papierniczych, muzyki, oraz literatury powiązanej z kulturą żydowską.