Struktury byłego Komisariatu Bezpieczeństwa Państwowego przeniesiono do NKWD jako samodzielne jednostki w randze zarządów, z zachowaniem ich numeracji.
Powody reorganizacji Amerykański analityk wywiadu, John Dziak, pisze w swej książce – Chekisty: A History of KGB (1988) między innymi:
Tych szczególnych zmian organizacyjnych nigdy w pełni nie wyjaśniono, ale być może miały one coś wspólnego z wchłonięciem przez ZSRR podbitych krajów i narodów – Estonii, Litwy, Łotwy, części Polski i oderwaniem od Rumunii Besarabii i północnej Bukowiny. Liczba aresztowań, deportacji, egzekucji i łagrów zwiększyła się, a to wymagało zreorganizowanych i zwiększonych sił bezpieczeństwa. (....) Szok spowodowany agresją i szybkimi postępami Wehrmachtu doprowadził w lipcu 1941 do fuzji i oba organy znowu połączyły się jako NKWD pod kierownictwem Berii. (....) Zwycięstwa pod Stalingradem stworzyły perspektywę odzyskania wojennych strat, stąd ponowny rozdział, jak ten z 1941 (NKWD – NKGB).