Powtórny rozdział w 1943 Powtórny rozdział służb i tym samym ponowne utworzenie Ludowego Komisariatu Bezpieczeństwa Państwowego (na czele którego stanął ponownie Wsiewołod Mierkułow) nastąpiło na mocy postanowienia Biura Politycznego KC WKP(b) z 14 kwietnia 1943Очерки истории российской внешней разведки, w 6 tomach, tom IV, Moskwa 1999. Taki system utrzymał się przez następne trzy lata, czyli do 1946:
Sekretariatłączył funkcje zarządzania bezpieczeństwem wewnętrznym Komisariatu 1 Zarząd (wywiad) – st. mjr b.p. Paweł Fitin 2 Zarząd (kontrwywiad) – komisarz b.p. III rangi Piotr Fiodotow zorganizowany na bazie m.in: Zarądu II Kontrwywiadu cywilnego NKWD KRU, Zarządu III NKWD (Tajno-Politycznego SPU), oraz Zarządu Ekonomicznego NKWD (EKU) i 3 Wydziału Specjalnego NKWD ZSRR, z przeniesieniem części sprzętu specjalnego z 2. Wydziału specjalnego NKWD. Struktura, obsada i rozmieszczenie personelu zostały ogłoszone w Załączniku nr 0014 do NKGB ZSRR z dnia 16/21 maja 1943 r.;