Zaangażował się w prace nad ustawą o mikroorganizmach i organizmach genetycznie zmodyfikowanych oraz przewodził grupie posłów, która zaproponowała powszechnie krytykowaną nowelizację ustawy o ochronie przyrody. W lutym 2018 Polsko-Izraelska Grupa Parlamentarna wybrała go na przewodniczącego tego gremium.
19 czerwca 2018 na wniosek premiera Mateusza Morawieckiego prezydent RP Andrzej Duda powołał Jana Krzysztofa Ardanowskiego na urząd ministra rolnictwa i rozwoju wsi w miejsce Krzysztofa Jurgiela (ze skutkiem od następnego dnia)Postanowienie Prezydenta Rzeczypospolitej Polskiej z dnia 19 czerwca 2018 r. nr 1131.10.2018 o zmianie w składzie Rady Ministrów ().. W lipcu 2018 zapowiedział odstąpienie od planowanego wprowadzenia zakazu hodowli zwierząt futerkowych przy jednoczesnym wprowadzeniu systemu certyfikacji, wycofanie z Sejmu przygotowanego przez posłów PiS projektu ustawy zakazującej uboju rytualnego i rezygnację z planowanej przez poprzednika budowy na wschodniej granicy płotu mającego stanowić ochronę przed dzikami mogącymi roznosić chorobę ASF. W kwietniu 2019 Sejm odrzucił wotum nieufności złożone wobec niego w lutym 2019 przez posłów Platformy Obywatelskiej (przeciw zagłosowało 233 posłów).