W wyborach w 2019 Jan Krzysztof Ardanowski z powodzeniem ubiegał się o poselską reelekcję, otrzymując 76 267 głosów. 15 listopada 2019 ponownie objął urząd ministra rolnictwa i rozwoju wsi, wchodząc w skład powołanego wówczas drugiego rządu dotychczasowego premiera.
We wrześniu 2020 został zawieszony przez prezesa PiS Jarosława Kaczyńskiego w prawach członka partii za złamanie dyscypliny klubowej, głosując przeciw nowelizacji ustawy o ochronie zwierząt. 6 października 2020 zakończył pełnienie funkcji ministra. W listopadzie tego samego roku został przywrócony w prawach członka partii.
W grudniu 2020 prezydent Andrzej Duda powierzył mu funkcję przewodniczącego powołanej wówczas Rady ds. Rolnictwa i Obszarów Wiejskich. W wyborach w 2023 został po raz kolejny wybrany do Sejmu (z wynikiem 28 658 głosów). W Sejmie X kadencji zasiadł w Komisji Rolnictwa i Rozwoju Wsi. W lipcu 2024 zrezygnował z członkostwa w PiS i klubie parlamentarnym tej partii, dołączając do koła poselskiego Kukiz’15 (w październiku 2024 przekształconego w koło poselskie o nazwie Wolni Republikanie, które w styczniu 2026 przyjęło nazwę Demokracja Bezpośrednia).