Jezioro ze względu na znaczną głębokość posiada słabo rozwiniętą strefę roślinności wodnej. Łagodne brzegi znajdują się po stronie północnej jeziora i tam pas roślin wodnych ma szerokość do 20 metrów. Po stronie wschodniej oraz południowej pas roślinności osiąga maksymalnie dwa metry. Ze względu na znaczną przeźroczystość wód, rośliny występują do głębokości 7 metrów. Nad jeziorem i w jeziorze występują: trzcina pospolita, oczeret jeziorny, grzybienie białe, osoka aloesowata, grążel żółty, rdestnica połyskująca, rogatek, krynicznik giętki oraz moczarka kanadyjska.
Dominującymi gatunkami ryb w wodach jeziora Lubie są: sielawa, leszcz, węgorz, płoć, szczupak, krąp, lin. Poza tym spotkać można również: okonia, troć jeziorową, karpia, sandacza oraz miętusa.
Czystość wód i ochrona środowiska Według badań z 1983 roku przewodność wód wynosiła 130 μS/cm, odczyn (pH) – 7,9, utlenialność – 3,5 mgO2/l, zawartość wapnia – 41,7 mg/l, siarczanów – 34,0 mg/l, a chlorków – 10,8 mg/l.
W wyniku badań przeprowadzonych w 1998 roku wody jeziora Lubie zostały zakwalifikowane do III klasy czystości. Zdecydowały o tym wysokie stężenia azotu, fosforu, chlorofilu oraz całkowicie odtleniony hypolimnion.