Wody jeziora charakteryzują się również bardzo wysoką zawartością soli mineralnych, co negatywnie wpływa na ocenę czystości jeziora.
Badania wykonane w 2003 roku potwierdziły wcześniejsze wyniki, nastąpiła jednak niewielka poprawa badanych wskaźników i jezioro zostało zakwalifikowane do II klasy czystości. Przeźroczystość wody w okresie letnim wynosiła 4,1 m, co odpowiadało wodom I klasy czystości. Podczas badań oceniono, że jezioro Lubie jest odporne na degradację, wpływ na to ma wysoka średnia głębokości, niewielka wymiana wód w ciągu roku oraz przewaga lasów w zlewni bezpośredniej.
Ścieki z miejscowości położonych nad brzegami jeziora są odprowadzane do oczyszczalni ścieków w Lubrzy. W badaniach bakteriologicznych stan sanitarny jeziora nie budził zastrzeżeń i został określony na I klasę czystości.
Jezioro znajduje się na obszarze planowanej strefy chronionego krajobrazu o nazwie Rynna „Ołoboku i Paklicy”. Głównym założeniem projektowanej strefy jest ochrona naturalnego korytarza ekologicznego wzdłuż wspomnianej rynny polodowcowej.