Później dziedzic dóbr Zielińskich, mąż Wandy z Zielińskich, Potocki, zbankrutował i sprzedał las otaczający Święte Miejsce Żydom, a pola folwarczne wynajął wojsku z Przasnysza na ćwiczenia i obóz. Władze wojskowe ze względów strategicznych zabroniły Żydom wycinać las, co sprawiło, że ocalało leśne otoczenie kościoła.
Od 1877 kaplicą w Świętym Miejscu zarządzał proboszcz przasnyski ks. Stanisław Czapliński. W dniach 19–23 maja 1886 przyjmował w swojej parafii, w tym i w Świętym Miejscu, biskupa Henryka Kossowskiego. Władza świecka zapieczętowała kościółek grożący ruiną, a biskup zlecił jej przebudowę. Przasnyski wikariusz ks. Adolf Goździewski nie dostał pozwolenia na zniesienie nowego murowanego kościoła, ale doprowadził do rozbudowy starego kosztem dziedziców Bartnickich oraz okolicznej ludności. Przebudowę rozpoczęto zapewne w 1886–1887.
W 1908 z przebudowy kaplicy powstał kościół i erygowano parafię, wydzielając jej teren z parafii Przasnysz i Płoniawy. Nowa parafia liczyła 1400 osób. O jej utworzenie szczególnie zabiegała społeczność wsi Lipa, Krępa Stara i Dębiny. Po utworzeniu parafii dodano odpusty we wspomnienie św. Hieronima i św. Teresy.