5 czerwca zjawił się w Harstad, skąd zabrał 2268 żołnierzy wycofującego się korpusu ekspedycyjnego i w konwoju osłanianym przez okręt warsztatowy „Vindictive”, 10 czerwca dotarł do ujścia rzeki Clyde. Potem przewiózł do Brestu, gdzie dotarł 14 czerwca, III batalion Samodzielnej Brygady Strzelców Podhalańskich i pewną liczbę Francuzów.
16 czerwca 1940 roku rozpoczęto ewakuację z portów francuskich, w pierwszym rejsie z Saint-Nazaire do Plymouth przewieziono ponad 2300 osób. 19 czerwca 1940 roku doszło do buntu załogi – trzeba było zaprowadzić porządek wśród załogi hotelowej przy pomocy plutonu marynarzy z ORP „Gdynia”. 21 czerwca statek zjawił się na redzie Saint-Jean-de-Luz, skąd w ciągu doby zabrał (według różnych źródeł) od 2100 do 3000 osób. Zeszły one ze statku 24 i 25 czerwca w Plymouth, w tym też czasie nastąpiła zmiana na stanowisku dowódcy jednostki, którym został kpt. ż.w. Zygmunt Deyczakowski. 5 lipca 1940 roku „Batory” wyszedł z Greenock w składzie szybkiego konwoju do Halifaksu z ładunkiem angielskiego złota i papierów wartościowych, oprócz tego ładunku wiózł 36 skrzyń z wawelskimi arrasami i innymi precjozami ewakuowanymi z Polski. W drogę powrotną zaokrętowano 1200 żołnierzy kanadyjskich, którzy zeszli z pokładu 2 sierpnia w Liverpoolu.