W pierwszych miesiącach wojny Flota wspólnie z 14 Armią Frontu Karelskiego udaremniła plan opanowania Murmańska, Polarnego i półwyspów Średniego i Rybaczego. W październiku 1944 Flota brała udział w operacji petsamsko-kirkeneskiej wojsk lądowych (ok. 10 tys. marynarzy walczyło na lądzie jako oddziały spieszone). 15 kwietnia 1945 Białomorska Flotylla Wojskowa została przemianowana na Białomorski Morski Rejon Obrony.
W okresie wojny Flota eskortowała ponad 2500 statków w składzie konwojów na wodach wewnętrznych i ok. 1500 transportów w składzie konwojów zewnętrznych. Za zasługi bojowe 12 okrętów, jednostek i związków taktycznych było wyróżnionych mianem gwardyjskich, 47 nagrodzonych orderami, 14 nadano honorowe imiona, ponad 48 tysięcy oficerów i marynarzy zostało nagrodzonych orderami i medalami, 85 otrzymało tytuły Bohatera Związku Radzieckiego, w tym czterech dwukrotnie.
Po II wojnie światowej w SZ ZSRR W okresie powojennym Flota Północna ZSRR przeszła przekształcenia. Jej zasadnicze siły stanowiły atomowe okręty rakietowe wyposażone w pociski balistyczne, lotnictwo dalekiego zasięgu wyposażone w pociski powietrze-ziemia i przeciwokrętowe, okręty lotniskowe.