Flotą dowodzili m.in. admirałowie: K.I. Duszenow, W.P. Drozd, A.G. Gołowko, W.I Płatonow, A.T. Czabanienko, W.A. Kasatonow, S.M. Łobow, G.M. Jegorow, W.N. Czernawin, F.N. Gromow.
Flota Federacji Rosyjskiej Zasadniczą składową Floty Północnej w okresie rozpadu ZSRR był komponent podwodnych sił jądrowych. W jego skład wchodziła 1., 3., 11 Flotylla Atomowych Okrętów Podwodnych i 9 Eskadra OPARB. Flota dysponowała bazami morskimi w Widajewie, Gadżyjewie, Griemisze, Polarnym, Ura-Guba i Zapadnoj Licy. Posiadając status komponentu oceanicznego, utrzymywała zdolność do realizacji zadań w obszarze Atlantyku i Arktyki. Docelowym rejonem działań miał pozostawać akwen położony za wyspami Azorskimi, między Nową Funlandią oraz Bermudami. Utrzymano też siły na Morzu Norweskim i Grenlandzkim. Ze składu Floty Północnej wydzielano do 7 Atlantyckiej Eskadry Operacyjnej 43 Dywizję Okrętów Nawodnych i 2 Dywizję Okrętów ZOP. Na przełomie lat 80. i 90. XX w gros sił lotnictwa morskiego Floty skomasowana była w 5 Dywizji Morskich Nosicieli Rakiet (około 70 samolotów TU-22M) oraz 35 Dywizji Lotniczej ZOP (około 70 samolotów TU-142M). Dwa pułki lotnictwa szturmowego, dwa pułki ZOP i pułk śmigłowców ZOP przewidziany był do wsparcia z powietrza Flotylli Kolskiej.W 1991 w składzie wojsk brzegowych pozostawały: 77 Dywizja Obrony Wybrzeża, 61.