Powstało kilka hipotez tłumaczących kilkumiesięczne funkcjonowanie kleptoplastów. Najprostszym wytłumaczeniem byłoby przejmowanie wraz z chloroplastami jądra komórki glonu lub nukleomorfu. Jednak obserwacje mikroskopowe nie potwierdziły obecności tych struktur w komórkach ślimaka. Za najbardziej prawdopodobny uznano poziomy transfer genów (HGT), który doprowadził do przejęcia części genów jądrowych z glonów. Dane z porównywania sekwencji DNA ślimaka i glonu są jednak ze sobą sprzeczne. W komórkach dorosłych ślimaków znaleziono niektóre geny jądrowe niezbędne do utrzymania funkcjonalnych chloroplastów. Te dane wskazywałyby na to, że w trakcie rozwoju ewolucyjnego E. chlorotica uzyskała geny potrzebne do właściwego działania chloroplastów. Kluczowym doświadczeniem mającym potwierdzić hipotezę było porównanie sekwencji DNA pochodzącego z larw ślimaka, które nie miały jeszcze kontaktu z glonem. W tym wariancie doświadczenia nie stwierdzono obecności genów potrzebnych do syntezy elementów chloroplastu. Także analiza DNA jaj ślimaka nie potwierdziła obecności genów niezbędnych do przeprowadzania fotosyntezy. Hipoteza poziomego transferu genów musiała zostać odrzucona. Uznano, że stwierdzony u dorosłych osobników nDNA pochodzący z glonu to prawdopodobnie efekt zanieczyszczenia próbek.