Polityka władz wobec prawosławia na terenie Litewskiej Republiki Radzieckiej była niejednoznaczna – z jednej strony w 1956 patriarchat moskiewski otrzymał zezwolenie na finansowe wsparcie remontów wielu cerkwi, natomiast w 1989 Rada Ministrów Litewskiej SRR nieoczekiwanie zażądała zamknięcia żeńskiego monasteru św. Marii Magdaleny w Wilnie, jedynej takiej instytucji w eparchii, zaś wcześniej, w latach 60., zamknięto kilka cerkwi.
Prawosławne duchowieństwo popierało litewski ruch niepodległościowy w ostatnich latach istnienia ZSRR.
Po 1990 W 1990 Sejm litewski przegłosował uchwałę o zwrocie prawosławnym odebranych obiektów sakralnych, dzięki czemu odzyskali oni kilkanaście obiektów na terenie eparchii, np. cerkwie św. Aleksandra Newskiego i Piatnicką w Wilnie. Obecnym metropolitąВ день 70-летия Святейшего Патриарха Кирилла в Храме Христа Спасителя прошло торжественное богослужение [dostęp: 20.11.2016.] wileńskim i litewskim jest Innocenty (Wasiliew). W skład eparchii wchodzi pięć dekanatów: wileński miejski, wileński okręgowy, kowieński, kłajpedzki oraz wisagiński. W 2005 działało 50 parafii oraz dwa monastery – żeński monaster św.