Marii Magdaleny w Wilnie oraz męski monaster Świętego Ducha w Wilnie, którego zwierzchnikiem jest każdorazowo metropolita wileński i litewski.
W 2022 roku, związku z poparciem inwazji Rosji na Ukrainę przez patriarchę moskiewskiego Cyryla, część duchowieństwa eparchii wileńskiej i litweskiej popadła w konflikt z rosyjską Cerkwią i w 2023 roku utworzyła struktury Egzarchatu Litewskiego, podległe patriarsze KonstantynopolaLitwa – oficjalnie zatwierdzono Cerkiew niezależną od Moskwy.
Zwierzchnicy mały|250px|Brama wiodąca na teren cerkwi i monasteru Świętego Ducha w Wilnie, jedynego męskiego klasztoru w eparchii thumb|250px|Cerkiew św. Aleksandra Newskiego w Wilnie, służąca żeńskiemu monasterowi św. Marii Magdaleny metropolita Józef (Siemaszko) (1839–1868) arcybiskup Makary (Bułgakow) (1868–1879) arcybiskup Aleksander (Dobrynin) (1879–1885) arcybiskup Aleksy (Ławrow-Płatonow) (1885–1890) arcybiskup Donat (Babinski-Sokołow) (1890–1894) arcybiskup Hieronim (Ekziemplarski) (1894–1898) arcybiskup Juwenaliusz (Połowcew) (1898–1904) arcybiskup Nikander (Mołczanow) (1904–1910) metropolita Agatangel (Prieobrażenski) (1910–1913) metropolita Tichon (Biełławin) (1913–1917) metropolita Eleuteriusz (Bogojawleński) (1917–1923, do 1921 zarządzający tymczasowo, ponownie do 1940) arcybiskup Teodozjusz (Fieodosijew) (1923–1939)Biskup