Parafia w Siennie była dość zamożna. Bp Zbigniew Oleśnicki przeznaczył część wpływów z dziesięciny na uposażenie altarystów. Zapewne do rozkwitu parafii i kościoła przyczynił się jeden z synów Dobiesława Oleśnickiego, Jakub z Sienna, humanista, biskup włocławski, a później arcybiskup gnieźnieński i prymas Polski. Od ok. 1531 roku proboszczem w Siennie był ks. Baltazar Opec, humanista krakowski, znany i ceniony pisarz.
W l. 50. i 60. XVI w. Oleśniccy i Sienieńscy stali się przywódcami protestantyzmu w Małopolsce – część z nich jako kalwiniści, część jako bracia polscy zwani arianami. Jeden z Sienieńskich założył miasteczko Raków, w którym powstała sławna uczelnia protestancka zwana Akademią Rakowską. Będący w latach 90. XVI w. dziedzicem Sienna Sebastian Sienieński nie wpuścił do kościoła wizytującego swoją diecezję Jerzego kard. Radziwiłła. Tutejszy zbór należał do najdłużej działających świątyń protestanckich w Małopolsce. W czasie jego funkcjonowania usunięto zapewne większość katolickich dzieł sztuki powstałych w XV w. Dokonano też napraw i remontów, zwłaszcza po okresie potopu.