Pozwolono im nawet wydać ostatni numer Studia Mathematica na podstawie materiałów przygotowanych przed wojną.
Ukraiński język obowiązywał na wykładach, które służyły do celów ideologicznych i propagandowych, natomiast polski był wykorzystywany na wykładach poświęconych naukom ścisłym. Budziło to dużą niechęć Ukraińców we Lwowie, którzy liczyli na szybkie unarodowienie szkolnictwa wyższego na wzór uniwersytetów na Litwie.
Okupacji sowieckiej nie przeżyli dwaj ważni matematycy lwowscy: Władysław Hetper, który zmarł w sowieckim łagrze w 1940; Stefan Kaczmarz, który jako oficer wojska polskiego został wzięty do niewoli i zginął w niewyjaśnionych okolicznościach prawdopodobnie już w 1939 roku (długo przypuszczano, że zginął w Katyniu, jednak jego nazwisko nie pojawia się ani na liście oficerów w Kozielsku, ani na liście ofiar Katynia ani na żadnej innej liście, więc przypuszcza się, że zginął już w czasie kampanii wrześniowej).
Okupacja niemiecka i zagłada szkoły
O wiele bardziej wyniszczająca była dla środowiska akademickiego okupacja niemiecka. Niemcy weszli do Lwowa 30 czerwca 1941 roku i natychmiast przystąpili do czystek etnicznych i masowych mordów wycelowanych w polską inteligencję, w których zginęło trzy tysiące Polaków, w tym dwustu studentów Uniwersytetu Jana Kazimierza.