24 kwietnia 1446 roku uczestnicy zjazdu wystawili dokument, w którym proponowali objęcie polskiego tronu Kazimierzowi Jagiellończykowi. 24 listopada 1464 roku Kazimierz Jagiellończyk nadał miastu prawo do odbywania jarmarków: na św. Małgorzatę Pannę i św. Michała.
Lata dominacji protestanckiej mały|Późnorenesansowy kościół Nawrócenia św. Pawła W okresie reformacji, w XVI i XVII wieku był to jeden ważniejszych ośrodków małopolskiego kalwinizmu, następnie znaczący ośrodek braci polskich, miejsce zjazdów i synodów, aż do połowy XVII w. W 1558 roku ówczesny właściciel miasta, Andrzej Bzicki przekazał tutejszy kościół w ręce kalwinów. Wydał on mieszczanom nakaz uczestniczenia (pod rygorem grzywny lub więzienia) w nabożeństwach w przekształconym ze świątyni katolickiej zborzeStudia z dziejów Bełżyc s. 61, 63 wyd. Towarzystwo Regionalne Bełżyc (2005).. W latach 1618–1663 przy tutejszym zborze działało kalwińskie gimnazjum prowincji małopolskiej. W mieście funkcjonował drewniany wodociąg, doprowadzający wodę ze stawów nad rzeką do zamku i domostw. W 1617 roku dobra bełżyckie wraz z wsiami Będki, Podole i Wzgórze zostały wydzierżawione Mikołajowi Siestrzewitowskiemu za 21 tysięcy złotych na trzy lata. W latach 1620–1630 katolicy podjęli pierwszą, nieudaną próbę odzyskania budynku kościoła.