W 1646 roku król Władysław IV Waza wydał przywilej zezwalający na założenie cechu bednarzy i kołodziejówStudia z dziejów Bełżyc s. 62, 71 wyd. Towarzystwo Regionalne Bełżyc (2005).. W 1648 roku miasto zostało spustoszone przez kozaków pod wodzą Bohdana Chmielnickiego. Dokonali oni też pogromu Żydów. Koniec XVII i początek XVIII w. to dla miasta kolejne napaści zbrojne, pożary i tumulty wyznaniowe. Mieszkańcy byli dziesiątkowani epidemiami cholery i tyfusu. 31 lipca 1645 roku miasto od króla Władysława IV uzyskało przywilej organizowania jarmarków: na św. Michała, na NMP Gromniczną i na Niedzielę Śrópostną. W 1654 roku Trybunał Główny Koronny w Lublinie nakazał kalwinom zwrócić katolikom budynek kościoła. Dziedzic Bełżyc (Paweł Bogusław Orzechowski) wybudował nowy zbór, mniejszy i drewniany. W 1662 roku podjęto decyzję o wypędzeniu z Bełżyc braci polskich. 2 czerwca 1667 roku król Jan Kazimierz udzielił zezwolenia na cztery dodatkowe jarmarki w mieście: na Święto Trójcy, na Św. Idziego Opata, na Św. Dominika i Wyznawcy, oraz na Wszystkich Świętych. W 1670 roku został odbudowany i na nowo erygowany budynek kościoła katolickiego.