Po otrzymaniu informacji o śmierci Wojciecha, w 998 roku Bruno postanowił zrezygnować z kariery kościelnej i wstąpił do opactwa benedytyńskiego na Awentynie, przyjmując imię zakonne Bonifacy, na cześć Bonifacego-Winfrida. Rok później złożył profesję zakonną. Tam poznał Nila z Rossano i Romualda z Camaldoli i wkrótce potem opuścił Awentyn, przyłączając się do wspólnoty Romualda w Pereum niedaleko Rawenny, który tworzył zakon kamedułów. W 1001 roku erem odwiedził Otton III, a wkrótce potem Bruno postanowił udać się na misje. Możliwe, że sam cesarz miał w tym udział, natomiast książę Polski Bolesław I wyraził na to zgodę. Pod koniec 1001 roku Bruno, wraz z Benedyktem z Benewentu i Janem z Wenecji miał wyruszyć do Polski, jednak mieli oni najpierw nauczyć się języka słowiańskiego. Ponadto Bruno musiał uzyskać sakrę biskupią, dlatego udał się do Rzymu. Zawirowania polityczne (śmierć Ottona III, groźba rebelii Krescencjuszy, zajęcie przez Bolesława I Marchii Łużyckiej) spowodowały opóźnienie powrotu Bruna z Rzymu. Pod koniec 1002 roku otrzymał nominację papieską na biskupa misyjnego oraz paliusz, jednak o sakrę miał się wystarać w Madgeburgu, a także miał uzyskać zgodę nowego cesarza Henryka II.