Z powodu braku czynnych cerkwi prawosławnych w Wilnie monasterska świątynia Świętego Ducha spełniała dla miejscowej ludności zadania cerkwi parafialnej, toteż Aleksander I planował rozproszenie zakonników w innych wspólnotach i zmianę cerkwi Świętego Ducha w katedrę eparchii wileńskiej. Plan ten przedłożył Świętemu Synodowi, jednak ten w wyrażonej opinii zdecydowanie odradził władcy zamykanie monasteru cieszącego się tak szczególnym szacunkiem i z tak długą tradycją umacniania prawosławia na LitwieG. Szlewis, Православные храмы Литвы, Свято-Духов Монастыр, Vilnius 2006, , s. 20.