Odbudową kierował Jan Krzysztof Glaubitz, który wykonał również nowy ikonostas dla klasztornej cerkwi.
W granicach Imperium Rosyjskiego mały|królewskie wrota w ikonostasie cerkwi mały|Raka z relikwiami świętych męczenników wileńskich W 1795, po III rozbiorze Polski, Wilno znalazło się w granicach Cesarstwa Rosyjskiego jako stolica guberni. Przyniosło to poważne zmiany w sytuacji monasteru, który został podporządkowany biskupowi mińskiemu i wołyńskiemu, a następnie biskupowi wileńskiemu, który pełnił równocześnie funkcję zwierzchnika monasteru. Wspólnotę tworzyło w tym okresie 13 zakonników, z czego na stałe w Wilnie przebywało dziewięciu, pozostali natomiast żyli czasowo w innych monasterach pozostających pod opieką wileńskiego. Monastery te, oprócz trzech, w końcu XVIII w. zostały decyzją Świętego Synodu uznane za niezależne. W maju 1797 car Paweł I uznał wileńską wspólnotę monastyczną za monaster II klasy, co oznaczało coroczną dotację rządową w wysokości 2500 rubli. Natomiast następca Pawła I, Aleksander I rozważał w 1806 możliwość likwidacji monasteru.