Gracz musi nie tylko toczyć walki, ale również rozwiązywać liczne zagadki, które umożliwiają mu otwieranie kolejnych przejść i zdobywanie nowych przedmiotów, co jest warunkiem koniecznym do czynienia postępu w grze.
W przeciwieństwie do poprzednich gier z serii, w Resident Evil 3 gracz napotyka na momenty, w których akcja zostaje na chwilę zatrzymana, ekran staje się czarno-biały i pojawiają się na nim dwie opcje możliwych działań (tzw. live selection). Zazwyczaj jedna z nich odpowiada za działanie bardziej defensywne, zaś druga za bardziej ofensywne. Wybory te wpływają na rozwój fabuły i dalsze wydarzenia w grze. Ponadto gracza prześladuje tytułowy Nemesis, który pełni w grze rolę powracającego co jakiś czas bossa. Nemesis jest znacznie mocniejszy od gracza, może korzystać z wyrzutni rakiet, unikać jego ataków i ścigać go przez kolejne lokacje. Można na niego trafić w różnych momentach. Niektóre spotkania są z góry ustalone i nie można ich uniknąć, inne mają miejsce w zależności od podjętych wcześniej przez gracza wyborów i mogą mieć różny przebieg. Nawet jeśli gracz pokona Nemesisa lub wymknie się mu podczas jednego z takich spotkań, ten i tak nieustannie będzie powracał aż do końca gry.