Świadectwem gotyckiej przeszłości kościoła pozostały tylko skarpy, uskokowy, ceglany portal i wieżyczka komunikacyjna. Równolegle z przebudową kościoła franciszkanie odbudowywali też klasztor spalony podczas pożaru w 1749, nadając mu klasycystyczny kształt, w jakim przetrwał do dziś. W 1772 w konwencie żyło 53 zakonników. thumb|Tryptyk franciszkański w stylu bizantyjskim w prawej nawie kościoła thumb|Modlitwa przed figurą Białej Pani thumb|Ołtarz z relikwiami św. Jadwigi Królowej Prace budowlane przeciągnęły do 1778. Odbudowana w międzyczasie drukarnia zyskała w 1754 tytuł królewskiej, jednakże w 1781 została zamknięta, ponieważ nie przynosiła dochodów.
Pod zaborami W 1812 podczas kampanii napoleońskiej kościół został zarekwirowany na potrzeby wojska i stał się magazynem zbożowym.
Podczas procesu filarecko-filomackiego (1823/1824) w murach klasztornych więziono m.in. Jana Czeczota i Kazimierza Piaseckiego.