W 1862, w okresie poprzedzającym wybuch powstania styczniowego, na przykościelnym cmentarzu odbywały się masowe manifestacje patriotyczne. Po stłumieniu powstania w 1864 Murawiow w odwecie zlikwidował zakon i rozkazał zamknąć kościół, który w latach 1872–1876 przebudowano, tworząc wewnątrz kondygnacje, po czym urządzono w nim archiwum państwowe. Bogate wyposażenie uległo zniszczeniu lub rozproszeniu. W 1904 odrestaurowano kaplicę cmentarną.
Nieco wcześniej, w latach 1869–1873, zburzono przykościelną dzwonnicę. Wspomniana późnogotycka dzwonnica z czerwonej cegły charakteryzowała się bogatym wystrojem. Po upadku powstania styczniowego, w ramach intensywnej polityki rusyfikacyjnej, nie tylko zamknięto kościół, ale rozebrano też dzwonnicę do fundamentów włącznie.
Okres II Rzeczypospolitej W 1918 po odzyskaniu przez Polskę niepodległości przywrócono kościołowi jego funkcje sakralne i rozpoczęto remont. Formalności dotyczące odzyskania kościoła i klasztoru ciągnęły się przez kilkanaście następnych lat. Franciszkanie powrócili do swojego obiektu w 1934.